中草药抗病原微生物有效成分有：有机酸、绿原酸、生物碱、挥发油、酚类、萜类、甙类、醛、黄酮类、单宁（鞣质）、溶菌酶、抗菌肽、槲皮素、壳聚糖、植物杀菌素、多糖、多孔矿物类等成分。
常选用具有抑菌杀灭病菌的中草药分别为：（1）广谱抗菌的中草药诸如：金银花，黄芩、黄连、牛至、连翘、大青叶、蒲公英、板蓝根、青黛、黄柏、紫花地丁、败酱草、鱼腥草、夏枯草、地胆草、龙胆草、穿心莲、栀子、丹皮、赤芍、白芍、大蒜、大叶桉等。
（2）抗真菌中草药诸如：硫磺、苦参、射干、土槿皮、芦荟、大黄、黄芩、黄柏、黄连、知母、萹蓄、百部、枯矾、秦皮、漏芦、茵陈、轻粉、白头翁、公丁香、石榴皮、山豆根，大风子，地肤子，鱼腥草、艾叶、急性子等。
（3）抗革兰氏阳性病菌（G⁺）的中草药：如麦冬，射干、艾叶.桔梗、侧柏叶等。
（4）抗革兰氏阴性病菌(G^-）中草药：白头翁、秦皮、马齿苋、黄芩、桑叶、石榴皮、茵陈、大蒜等：
（5）抗螺旋体的中草药，比如：土茯苓、青蒿、黄柏、虎杖，博落回大青叶、马鞭草等。
（6）防饲料霉变保鲜中草药：杜仲、松针叶、海带、桂皮、辣椒等。
常用抗病毒的中草药诸如：大青叶、板蓝根、青黛、金银、黄芪、黄芩、连翘、牛蒡子、大黄、射干、甘草、灵芝、绞股蓝、刺五加、紫锥菊、苏叶、海藻、桑白皮、瓜蒌皮、黄连、五加皮、蜂胶、车前子、远志、牛膝、丹参、红花、蒲公英、白芷、白术等。