中草药通过增强动物机体器官组织生理功能，间接抗菌。中医通过相关中草药对使动物机体“扶正祛邪”的调理恢复和提高机体组织的生理功能。

  1、中草药中含多糖可使胸腺、脾脏、淋巴结、心上腺、法氏囊等免疫器官发育增重，有效提高免疫器官含免疫细胞指数，从而显著提高非特异免疫水平和抗病力。

  2、中草药刺激机体器官和组织分泌抑杀病原微生物成分：如党参、当归、鸡血藤、阿胶、何首乌等药物能刺激造血功能，确保血液中足够的红细胞和白细胞来增强机体抑杀病原微生物能力；灵芝、太子参、苍术等促进脾脏发育、增强机体免疫、增强脾脏生理功能，防止或减少消化道发生细菌或病毒性疾病；丹参、金银花、穿心莲、黄连等药可激活巨噬细胞活性，增强巨噬细胞吞噬细胞核病毒功能；桔梗、无花果、鸡子清、木瓜、蟾酥等能提高机体中溶菌酶的活性，使溶菌酶通过水解病原微生物细胞而杀菌；黄芪、丹参、甘草等能刺激动物机体细胞诱生内源性干扰素来杀菌抗病毒；中药中多糖、膳食纤维素等营养物质能促进肠通中有益菌(乳酸杆菌、双歧杆菌等)增殖来抑菌。

   通过提高机体免疫力，全方位抗病原微生物：中草药中绝大多数含有能提高动物机体免疫功能的多糖，生物碱、甙、酚类、有机酸、挥发油等成分，这些成分有的(如多糖)能促进免疫器官生长发育，提升机体细胞免疫和体液免疫。同时调动机体一切抗菌，抗病毒因素，即非特异免疫因素(激活白细胞吞噬病原微生物活性，分泌溶菌素，多种特殊酶，东菌素，干扰素，补体等）动员机体组织器官全方位共同抵抗杀灭还病原微生物，增强机体组织功能恢复。

    通过作用于病原菌的组织结构或代谢，直接抑杀病原微生物：
   1、影响病原微生物正常代谢：如茵陈、黄柏、辣椒通过抑制呼吸抑制病原微生物；甘草可抑制防止病原微生物体中脱氧核糖核酸的代谢，使病原微生物不能生成大黄可抑制乳酸脱氢酶的活性致病原微生物死亡；黄连与病原微生物体中DNA形成复合物干扰病原微生物繁殖；

   2、损坏病原生物细胞膜，丁香可使霉菌体产生过量的ROS，过量ROS可使菌体细胞脂质过氧化，破坏其正常代谢产生抑菌作用。山茱萸、香茅、藜麦等能破坏病原微生物生物膜合成；

   3、破坏菌体细胞壁：金银花中绿原酸可抑制病原微生物细胞壁合成，牛至中酚可使病菌细胞壁结构中蛋白变性和凝固至破损；沉香、苦参、黄芩等能使病原微生物细胞壁破损和过度水解直至细胞壁皱缩；

   4、阻止或破坏DNA的合成：落叶松树皮中原花青素及金银花中绿原酸可使病原微生物中DNA链合成大小不等的片段或阻断DNA的合成，产生抑杀病原微生物效果。

    清除病菌产生的菌毒素。病原菌尤其是革兰氏阴性菌在繁殖和被抗生素杀灭之后菌尸体产生的一种有害菌毒素，菌毒素可进入动物血液之中引起机体发热，血压升高、休克、白细胞减少、心肝受损等内毒血症，这种病菌次伤害导致已治愈的病情又反弹。中草药中绿豆、甘草、赤石脂、金银花、连翘等药物分别以吸附、络合、改性等形式清除机体中的菌毒素，促进机体恢复健康。